ในการดำเนินงานเพื่อให้บรรลุนโยบายของสถาบันกันตนาที่มุ่งสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการและวิชาชีพในระดับมาตรฐานสากลนั้น สถาบันได้กำหนดโครงสร้างการบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพ ดังนี้ องค์กรสูงสุดของสถาบัน คือ สภาสถาบันกันตนา ทำหน้าที่กำหนดนโยบายและควบคุมดูแลกิจการทั่วไปของสถาบันในด้านการบริหารจัดการงานของสถาบัน มีอธิการบดีเป็นผู้บังคับบัญชา ทำหน้าที่ดูแลและรับผิดชอบ การดำเนินงานของสถาบันให้เป็นไปตามนโยบาย กฎ ข้อบังคับ และระเบียบของมติสภาสถาบัน มีรองอธิการบดีทำหน้าที่และรับผิดชอบตามที่อธิการบดีมอบหมาย